微波干燥殺菌設備利用微波的熱效應和非熱效應共同結合而工作，能使物料內外迅速升溫，同時其對生命體的有機阻斷作用，在對物料干燥的同時，從低溫開始就有殺菌的功能，這種設備具有節能環保的特點，微波干燥(滅菌機)的物料不變形，不改變顏色，不破壞原有成分并能有效延長保質期。

  微波干燥殺菌設備用于粉狀、顆粒、片狀等食品、藥品、營養品、糧食制品、農副產品、殺菌、醬菜、鹵味、各種肉制品小包裝的防霉、殺菌、保鮮。微波殺菌是利用了電磁場的熱效應和生物效應的共同作用的結果。微波對細菌的熱效應是使蛋白質變化，使細菌失去營養，繁殖和生存的條件而死亡，對于大腸桿菌群等致病菌具有獨特的殺菌效果。

  微波滅菌的機理在于，細菌、成蟲 與任何生物細胞一樣，是由水、蛋白質、核酸、碳水化合物、脂肪和無機物等復雜化合物構成的一種凝聚態介質。其中水是生物細胞的主要成分，含量在 75～85%，因為細菌的各種生理活動都必須有水參與才能進行，而細菌的生長繁殖過程，對各種營養物的吸收是通過細胞膜質的擴散、滲透和吸附作用來完成的。在一定強度微波場的作用下，物料中的蟲類和菌體也會因分子極化馳豫，同時吸收微波能升溫。由于它們是凝聚態物質，分子間的作用力加劇了微波能向熱能的能態轉化。從而使體內蛋白質同時受到無極性熱運動和極性轉動兩方面的作用，使其空間結構變化或破壞，而使蛋白質變性。蛋白質變性后，其溶解度、粘度、膨脹性、滲透性、穩定性都會發生明顯的變化，而失去生物活性。另一方面，微波干燥殺菌設備的非熱效應在滅菌中起到了常規物理滅菌所沒有的特殊作用。也是造成細菌死亡的原因之一。